電鏡實驗室設計應滿足下列要求：

防磁電鏡的主體-電磁透鏡本身就是一個磁場，很容易受到外界磁場，特別是交變磁場的干擾，使顯微圖像發生單向的模糊，減少分辨本領，有時還會引起照明光斑的漂移和擺動，方案正常觀察，電鏡允許的外界交流磁場應小于2-3毫高斯。

防磁的主要措施是：

電鏡室應遠離電臺，大型電機設備，大變壓器及高壓輸電電纜等強磁干擾，以及核磁共振，質譜，高能粒子加速器等強磁儀器

電鏡室動力及照明導線要避免形成閉合回路，避免長迂回或單根導線布線，應使去和回的導向相靠近，嚴禁導向從電鏡室地下或頂上通過

才去屏蔽措施，目前有些單位采用鐵網或薄鐵皮作為實驗室的屏蔽材料，理論上講，選擇磁滯特性不顯著，矯頑力和剩磁小的高磁導率軟磁材料做屏蔽作用較好，建議用薄鐵皮和細目鐵絲網做室內四壁和頂的屏蔽比較適宜的。應當說明：屏蔽是萬不得已采用的，如果外界干擾磁場不超過允許值，則沒有必要屏蔽

防震

目前各國出廠的電鏡都采用了較好的防震抗震設施，但由于電鏡的分辨率本領不斷提高，對防震要求亦越加嚴格，電鏡鏡筒的振動，尤其是樣品的振動，會使圖像沿振動方向發生位移，使聚焦困難，成像模糊而降低分辨本領

電鏡允許的外界振動(主要是指地面振動)：振幅小于1-3μm(頻率小于五周)